Károly főherceg seregével július 6.-án éjjel 10 órakor tovább folytatta a visszavonulást, még pedig a főerővel Znaim, a IV. hadtesttel Brünn felé. János főhercegnek parancsot küldött, hogy a Morva-vonalat tartsa, egyebekben pedig József nádorral egyetértőleg Magyarország védelméről gondoskodjék. János főherceg azonban csak egy kisebb különítményt hagyott a Morva mentén és serege többi részével július 8.-án Pozsonyba vonult, szándékában lévén, hogy a Duna déli partjára átkelve, Gyulay horvát bánnal és Chasteler altábornaggyal együtt Bécsujhelyen át Bécs felé nyomuljon előre.[1] Ferenc császár udvartartásával július 9.-én Mährisch–Budwitzból Komáromba tette át székhelyét, hogy onnan szervezze meg Magyarország további ellenállását.

Napoleon a Znaim felé vezető úton csak Massenát külde, míg ő maga serege zömével a brünni műuton nyomult előre.

Ismételt utóvédharcok után Károly főherceg serege zömével július 10.-én Znaimnál megállapodott, hogy vonata számára a kivánt térelőnyt biztosítsa. Ámde akkorára már Napoleon is az említett város előtt egyesítette seregének nagyobb részét. Ilyenformán a két sereg között július 11.-én újból komoly harcok voltak kialakulóban, amelyeknek a Károly főherceg által javasolt és Napoleon által az osztrákokra nézve július 12.-én igen súlyos feltételekkel elfogadott fegyverszünet vetett véget.

Károly főherceg július 30.-án lemondott a fővezérletről s ezzel sok tekintetben kiváló és elismerésreméltó katonai pályája véget ért.

A háborút az október 12.-én kötött schönbrunni békekötés fejezte be. Ez a béke az osztrák császárságra igen súlyos csapást mért. Annak értelmében Karinthia felső része, Krajna, Görz, Triest, Isztria, Fiume és Horvátországnak a Száván túli része az újonnan alkotott Illyr királysághoz, – Salzburg, Berchtesgaden és az Inn-negyed Bajorországhoz, – Nyugat-Galicia, Krakó és tarnopoli került a Varsói nagyhercegséghez csatoltattak.

[1] Mayerhoffer id. m. 161.