Szeptember közepe táján végre a prágai udvar megadta az engedélyt a Buda megvételét célzó hadműveletek megkezdésére, mihez a csapatok a váci táborban gyülekeztek. A fővezérséget ugyan megint Mátyás főhercegre bízták, de ő csak később jöhetvén le, egyelőre Schwarzenberg szerepelt mint a hadsereg helyettes főparancsnoka. A Vácnál a Dunán vert két híd elkészülvén, azokon mindenekelőtt Pálffy Miklós és Nádasdy Ferenc kelt át és a 6000 magyarból, 1000 kozákból és ugyanannyi németből álló elővéddel, amelyet a 25.000 főnyi derékhad követett, Schwarzenberg vezérlete alatt. A sereghez összesen 140 ágyú volt beosztva.[1]
A sereg Óbudánál tábort ütve, október 5.-én a felső város (Obervorstadt, a mai Vár északi része) lövetése mellett a hátsó elővárost (Hinder-Vorstadt, a mai Krisztina város) rohammal bevette[2] s ez alkalommal a főparancsnokság tudomására jutott, hogy a török védőrség száma 6000 főt, ezek között 1000 janicsárt, tesz ki.
Október 6.-án a hajdúk az alsó külvárost (Unter-Vorstadt, a mai Tabán) támadták meg s bár néhány foglyot ejteniök sikerült, de az ellenség erős puskatüze folytán csakhamar visszahúzódni voltak kénytelenek. Ezt a támadást október 8.-án egy minden nemzetségből összeállított erős vegyes különítmény megismételte, azonban az egyórai küzdelem most sem járt nagyobb eredménnyel.
Október 9.-én megérkezett az óbudai táborba Mátyás főherceg s másnap délután 3 órakor a felső város (Ober-Vorstadt, a mai Vár északnyugati része) ellen 6000 emberrel három oldalról intéztetett támadást, mely annyiban sikerrel is járt, hogy az említett városrész kétórai heves harc után, melyben a törökök 1500 embert vesztettek, a mieink hatalmába került. Ugyanekkor egy másik csoport a zsidó vagy viziváros ellen intézett támadást, ez azonban a Várból kitörő törökök erős ellenhatása folytán kézzelfogható, tartós eredményre nem vezetett; ellenben sikerült a Budát Pesttel összekötő hajóhidat megrongálni és szétszaggatni.
Október 11.-én a gellérthegyi blokkházat megszállva tartó 300 török, az erődítés felgyújtása után sietve a városba húzódott vissza.
A következő napon, október 12.-én már jelentősebb események játszódtak le. Míg a keresztény tábor Óbudánál állott, a királyi hajóhad a Margitsziget felső részénél horgonyzott és a sziget körül néhány gyors sajkával őrjáratokat végzett a Dunán. „Október 12.-én éjjel – írja dr. Szentkláray [3] – két királyi sajka leevedzett egész Budavár alá s összeütközött az őrtáló török sajkákkal. A meglepett török hajókon nagy riadalom támadt. De a magyar naszádosok nem tágítanak, sőt átugrálnak az ellenség hajóira s az őrséget részben lekaszabolják, részben a hullámok közé kergetik. Hat török hajóst elfognak s magukkal viszik őket Mátyás főherceg táborába. A foglyok vallomást tettek, hogy a budai basa sietve ácsoltatja össze a megrongált hajóhidat s vizen és szárazon a Duna mindkét partjáról támadni szándékozik. E hírre Pálffy engedélyt kért, hogy a következő éjjel vizi csatát vívhasson a török hajóhaddal. Az engedély megadatván, a naszádosok mellé hajókra ülteti néhány száz hajdúját s támadásra indítja Budavár bástyái alá, a török hajók állomása ellen. Buda és Pest közt, a mai Lánchíd táján, heves, hosszú küzdelem fejlődik a két ellenséges hajóhad közt. A mieink hajóiról zápor gyanánt hullanak a golyók az ellenségre, égő kén és szurok koszorúk, melyeket naszádosaink az ellenségre szórnak, megvilágítják a harcoló hősök alakjait s csakhamar lángba borítanak 25 török hadihajót. Az égő Duna borzasztóan felséges látványt nyújt. Naszádosaink szintén siralmas veszteséget szenvednek, de azért az összes budai török vizi erőt megsemmisítik s két megmaradt naszádjukat elfogják és magukkal viszik.“
Október 13.-án a keresztények megszállják a törökök által elhagyott gellérthegyi blokkházat és az abban talált ágyúkból a várat és várost kezdik lövetni.
Október 14.-én a főherceg megadásra szólítja fel a védőrséget, de tagadó választ kap, mire október 17.-én a vár és város újból erős ágyútűz alá vétetik, kivált a gellérthegyi erőd felől, ahova időközben 22 ágyút vontattak fel, melyek a várfalazatban elég nagy rést törtek. Egyúttal az alsóvárosban 200 bányász segítségével az aknázás is kezdetét vette.
Október 19.-én a védőrséget újból megadásra szólították fel, de a válasz most is tagadó volt. Az ezután 21 nagy ágyúból folytatott tüzelés hatása alatt a falazat két helyen néhány ölni szélességben bedűlt. Miután közben azonkívül a vizivárosi akna is elkészült, a főherceg intézkedést tett a roham végrehajtására, mely azonban a beállt tartós esőre való tekintettel végrehajtható nem volt. Az észrevett aknaásással szemben a törökök ellenaknák fúrásához fogtak.
Október 24.-ére a főherceg Pest ellen petárda-támadást szándékozott végrehajtani, de ez időnek előtte elárultatván, a végrehajtás abbamaradt.
Október 25.-én délután 3 órára aknarobbantással kapcsolatban roham végrehajtása volt tervbe véve, de miután az aknák nem jól működtek, a roham is elmaradt.
Miután a szünet nélküli esőzés az összes vívóárkokat vízzel töltötte meg és az ostrom és aknamunkák folytatását nagyon megnehezítette és mivel az évszak már különben is nagyon előrehaladt, Mátyás főherceg október 27.-én az ostrom abbahagyását határozta el. Az ágyúk leszerelése néhány napig tartván, a visszavonulás csak november 2.-án volt megkezdhető, melyet a török védőrség nagyobbszabású kitöréssel igyekezett megnehezíteni, ami hosszabb ideig tartó harcot vont maga után, hanem aztán a főherceg mégis bántatlanul vezethette vissza seregét Esztergomba és Esztergom környékére.[4]
[1] Ortelius id. m. 248.: „Nachdem den 4. Oct. 15, Stück mit Fewerwerck und 125. Geschütz, darunter 23. Cartaunen und 35. Mauerbrecherin in der Christen Läger bey Waitzen ankommen, auch die zwo Schiffbrücken sind fertig gemacht worden: ist der Herr von Schwartzenberg mit dem gantzen Läger auffgebrochen und für Ofen geruckt.“
[2] Lásd a XIV/20. számú mellékletet.
[3] Id. m. 194.
[4] Istvánffy id. m. XXXI. 728. – Hell, Ephemerides, Reusnernél, 323. – Brüsseli Okmt. III. 96. – Hammer-Purgstall id. m. II. 628.