Az átalakulás első mozgalmai ismeretlenek, de kétségtelennek látszik, hogy a váradi püspökség és káptalan megdőlésével szabad út nyilt meg a reformáczió előtt. Már maga az a körülmény, hogy Bihar vármegye politikailag Erdélyhez tartozott, a hol 1548-tól kezdve a reformáczióra nézve kedvezőleg alakultak a viszonyok, továbbá, hogy a vármegye közvetetlen szomsédságában, Gyulán ekkor már a hitujításnak hatalmas góczpontja keletkezett: könnyen érthetővé teszi, hogy az új szellem fuvalmától Bihar vármegye sem maradhatott tovább érintetlen. Az átalakulás legelőbb a német reformáczió szellemében történt. A szomszédságban mindenütt ez alapon folyik a szervezkedés. De az irányváltoztatás oly gyorsan következik be, hogy a lutheri reformácziónak a gyökérverésre jóformán ideje se volt. Csakhamar helyet enged a Kálvin-féle irányzatnak, a melynek Bihar vármegye egyik legerősebb és legmegbízhatóbb harczosa lesz.

Hogy rövid tíz esztendő alatt mily hatalmas hódítást tett e vármegye területén a kálvinizmus, szinte meglepően tünik fel az 1567. február 24-ikén Debreczenben tartott zsinaton, hol a II. helvét vallástételt aláirott és elfogadott szeniorátusok között négy olyannal találkozunk, a mely egészen vagy részben a vármegye területére esik. Igy első helyen a váradi, később bihari-, a debreczeni, érmelléki és a különböző nevek alatt említett zarándi egyházmegyét, a melyek közel kétszáz egyházközséget, túlnyomó számban magyar s néhány román ajkut is képviselnek.

A XVII. század első fele a fejlődés és virágzás korszaka volt. A lüktető egyházi életre rámutatnak a vármegye területén tartott népesebb gyűlések, parcziális zsinatok, a melyeken nem egyszer az egyház egyetemét érdeklő fontos végzések hozattak. Innen indul ki a puritánizmus nevezet alatt ismert mozgalom is, mely a jelen ev. ref. egyház presbyteri alkotmány-formájának csíráit hordta magában. S bár e korszakban a katholikus visszahatás minden téren kezdetét veszi s annak élén áll és azt tagadhatatlanul nagy tehetségével éppen e vármegyének ref. vallásu szüléktől származott fia, Pázmány Péter vezeti: az ellenhatás hevesebb kitörései ellen egy időre védelmet nyújt az erdélyi fejedelmek jogara. Míg Bocskay, Bethlen és Rákóczy fegyverei diadalmasan villogtak a lelkiismereti szabadság érdekében: addig béke és nyugalom honol; sőt a fejedelmek jóindulata és kegye nyilvános tényekben talál kifejezést.

De a politikai konstellácziók megváltozása, az erdélyi fejedelemség lehanyatlása és az ennek nyomában járó dúlások, e vidék kálvinista egyházaira és népére szintén felidézik a végzetes sorsot. Egyfelelő Erdélynek Lipót 432uralma alá kerülése által a katholiczizmus régebbi hatalmát és befolyását visszanyervén, mindegyre erélyesebben lép fel, másfelől az ellenséges hadak dúlásai, a pusztító harczok, virágzó községeket semmisítenek meg.

A későbbi nemzet- és vallásellenes politika az elüldözött magyar nép helyére sváb és különösen oláh telepítvényeket állított. Ez utóbbi aztán lassanként teljesen eltemette mindazt, a mi még roncsaiban magyar és kálvinista maradt. A Sebes-Körös mentén a Királyhágóig, a vármegye keleti és északkeleti részében csak itt-ott emelkedik még ki a nemzetiségnek széles tengeréből egy-egy magyar kálvinista egyház.

Bár ily körülmények között óriási romláson ment át a biharmegyei ref. egyház, de azért ma is úgy szám, mint értelmi súly tekintetében előkelő helyet foglal el a vármegye lakossága között. Az 1822. évi konvent a vármegye területén fekvő ev. ref. egyházközségeket egyházi közigazgatásilag négy egyházmegyébe osztotta, u. m. a bihari egyházmegye, mely a legutóbbi statisztikai adatok szerint 42 anya- és 142 fiókegyházban 51,912 lelket számlál; - az érmelléki egyházmegye 39 anya-, 1 leány- és 60 fiók-egyházzal s 48808 lélekkel; mindkettő teljesen Bihar vármegyére terjed ki; továbbá a Hajdu-megyébe is átnyúló debreczeni egyházmegye 19 anyaegyházzal és 47,991 lélekkel; végül a nagyszalontai egyházmegye, a hova - ide nem számitva az Arad-megye területén fekvő egyházakat, - 30 anya-, 5 leány- és 77 fiók-egyház, 62,844 lélekkel tartozik. Így tehát ez időszerint van Bihar vármegyében 130 ev. ref. anya-, 6 leány- és 279 fiók-egyház, a melyeknek lélekszáma közel 211,000-re tehető. Tekintélyes szám és egészen magyar.

Mind a négy egyházmegye a tiszántúli egyházkerület fenhatósága alatt áll s legfőbb kormányzó férfiai a presbyteri alkotmányforma értelmében az esperesek és gondnokok. Még pedig a bihari egyházmegyében esperes: Szabó Károly nagykereki lelkész, gondnok: Ritoók Zsigmond nagyváradi kir. itélőtáblai elnök; a debreczeni egyházmegyében esperes: Dávidházy János kabai lelkész, gondnok: Nadányi Miklós p.-kovácsi nagybirtokos; az érmelléki egyházmegyében esperes: Nagy István hegyköz-szt.-imrei lelkész, gondnok: Zsigó Endre szalacsi birtokos; a nagyszalontai egyházmegyében esperes: Széll Kálmán nagyszalontai lelkész, gondnok: Tisza Kálmán.

A nagy magyar Alföldnek egykori védbástyája s Erdély kulcsa: Nagyvárad csaknem utolsó helyen állt azon nagyobb városok között, melyek a 433reformáczió előtt kapuikat megnyitni siettek. Mindenesetre feltünő, tudván, hogy a protestantizmussal rokonszenvező fejedelmi udvar többször és huzamosabb ideig is tartózkodott Váradon, a melynek révén kedvező alkalom nyílott a hitjavítás eszméivel való megismerkedésre. Még inkább, ha arra a szerencsés körülményre gondolunk, hogy Várad az egész középkoron keresztül az idegenek által is gyakorta látogatott város volt, a kik közül egynémelyik magával hozhatta a reformáczió gyújtó röpiratait.

De minden kétségen túl van, hogy Várad püspökei, ha Bihar vármegyében útjába állottak minden reformálási kisérletnek, még inkább lehetetlenné tették azt éppen egyházmegyéjök központján. Fráter György, ki a Szegedi Gergely váradi francziskánus barát és Szántai István mester között Segesvárott lefolyt vita után nem habozott királya előtt fenyegetőleg ekképen szólani: "ha felséged nem teszen róla, mi is nyilván más irral kötjük", székhelyén máglyára itélt egy szegény egyházfit, azért, mivel ez egy szent kép előtt térden imádkozó nőt arczul ütni merészkedett. Ez elrettentő példa a nyilvános fellépéstől még azokat is visszatartotta, kik a reformáczióval bensőleg rokonszenveztek.

Az Izabella királynőhöz átpártolt Varkocs Tamás, erdélyi hadakkal Várad felé közeledett, hogy a várost és Bihar-megyét a királyné számára biztosítsa. S ide megérkezvén, a várost azonnal ostromolni kezdte s kilencz hó multán, 1557. június 13-ikán hatalmába is kerítette.

E közben a Kolozsvárott 1556. november 24-én tartott országgyűlés kimondotta, hogy mindazok, kik az ezen évi márczius 12-iki szászsebesi országgyűlésen a királynénak a hűségesküt le nem tették, ha alsó-magyarországiak, a hova Várad is tartozott, - azt Varkocs Tamás kezébe tegyék le; mert a ki Szt. Miklós napjától (deczember 6.) számított egy hó leforgása alatt eleget nem teend: annak javait a fiskus elfoglalja. A kitűzött időig Várad püspöke hódolatra nem jelentkezett, sőt a káptalan még hónapok mulva sem nyitotta meg a vár kapuit a királyné vezére előtt.

Varkocs Tamás a szászsebesi gyűlésnek az egyházi javakra vonatkozó határozatát érvényesíteni nem késett. Az egyházi kincseket összeiratta, a püspökségi javakat a fejedelmi kincstár részére lefoglalta. Az így vagyontalanná 434és hajléktalanná lett kath. papok és szerzetesek Váradról rövid idő alatt eltüntek.

Ez év tekinthető Váradon a reformálás kezdetének. Annyival inkább, mivel az 1557-iki tordai gyűlés már arra nézve is intézkedett, hogy az új hit követői iskolahelyiséget nyerjenek. A királyné pedig 1558. márczius 24-én Tordán kelt levelében meghagyja, hogy az ostrom alatt majdnem teljesen elpusztult Váradon minden beköltözőt szívesen fogadjanak.

Várad lakossága a német reformáczióval ismerkedett meg először.

Részint Erdély irányváltoztatása, részint a szomszédos Debreczennek kálvinizmusra hajlása, de az erős kálvinista Varkocs Tamás egyénisége is döntő hatást gyakoroltak Várad reformácziójára. 1559-ben már úgy tűnik fel Várad, mint a kálvinistaságnak egyik erős oszlopa, a hol Méliusz P. és Dávid F. az első tiszta kálvini irányú hitokiratot megfogamazzák. Pár évvel később pedig, 1561. július 19-én egy erősen kálvinista jellegü zsinatot tartanak itt, melyen Méliuszt szuperintendenssé választották és a "debreczeni hitvallást" előterjesztették.

A ref. egyház gyors fejlődésére nagy hatással volt az 1566. márczius 10-iki tordai végzés, a mely egyenesen kimondja, "hogy afféle egyházi renden való személyek, kik az pápai tudományhoz és emberi szerzéshez ragaszkodtanak és abból megtérni nem akarnak, az ő felsége - János Zsigmond - birodalmából mindenünnen kiigazítassanak. A váradi káptalannak ő felsége az jövő virágvasárnapot hagyta, kik ha meg akarnak térni, házokban, szőlejökben, marhájokban, - jószáguktól elválva, kiket ő felsége magának tartani akar - békeségvel megmaradhatnak; ha pedig az Istennek igéjét nem akarják venni, személyekben, marhájokkal egyetembe, valahová akarnak menni, szabadon elbocsáttassanak". A kath. egyházakra nézve ez végzetessé vált, mert ennek következtében a Váradon még egyedül létező Szt. István káptalan is megszünt, s vele a katholiczizmusnak nyoma is elenyészett.

A mozgalmas ref. egyházi hitéletre fényt vetnek a Váradon nagy számmal tartott gyűlések és zsinatok, a melyek közül nagy jelentőségénél fogva ki kell emelnünk az 1569. október 10-én tartott híres "disputatió"-t, mely Magyarországon a kálvinizmus és unitárizmus jövője felett döntött. A fejedelem, udvari nép és nemesség jelenlétében tíz napon keresztül tartott s benne a két irányzat legkiválóbb férfiai vettek részt. Továbbá: az 1577 február 6-iki zsinatot, melyen a Meliusz-féle kánonok (articuli majores), valamint ezeknek Gönczi Ferencz által egybeállított rövid kivonata (articuli minores) megerősíttettek. Végül az 1612. február 12-iki, Szilvásujfalvi Imre váradi lelkész ügyében tartott zsinatot, melyen a ref. egyházban a puritánizmus néven megindult mozgalom előfutárát hivatalából letették és az általa képviselt irányzat ellen 16 pontból álló határozatot hoztak.

A váradi ref. egyház gyors felvirágzása míg egyfelől a kedvező politikai alakulásoknak, Erdély prot. fejedelmei anyagi támogatásának, kiváló és a kor színvonalán álló tudós lelkészeinek, a milyenek voltak egyebek között: Czeglédi György, Károli Péter, később tiszántúli szuperintendens, Pécsváradi Péter, Pázmány művének hatalmas czáfolója, keserűi Dajka János, a ki erdélyi 435püspök lett, stb; továbbá előkelő világi patronusainak, a kiknek sorában a Csáky, Telegdy család, Rhédey Ferencz, Ibrányi Mihály váradi kapitány stb. neveivel találkozunk: addig másfelől nagy hírű főiskolájának tudható be.

Midőn az 1557. évi tordai országgyűlés a kolozsvári és marosvásárhelyi főiskolák felállítását elhatározta, ugyanakkor intézkedett, hogy Debreczenben és Váradon hasonló intézetek létesüljenek; - utóbbi helyen Izabella királyné meghagyván, hogy e czélra a "Mindszent" tiszteletére szentelt és üresen hagyott klastrom átadassék.

Nyakazó Kendi Antal váradi várparancsnok s Bihar vármegye főispánja, az országgyűlés rendeletének érvényt szerezvén, az iskola első tanárául Sasvári Gergelyt 1558-ban be is állította. Az iskola csakhamar kollégiumi rangra emelkedett; főleg 1566. óta, mikor a gyulai várnak török kézre jutásával az ottani iskola megsemmisülvén, az Alföld vármegyéinek egyetlen, még a debreczeninél is jóval fejlettebb tanintézete lett. A "partium"-nak tudomány-szomjas ifjúsága nagy számmal kereste föl. Kitünő tanárai közül említésre méltók Károli Péter, Ivó János, a később erdélyi püspökké lett dr. Tofaeus Mihály, Harsányi N. Jakab, később a brandenburgi választó fejedelem consiliáriusa, dr. Martonfalvi György, Püspöki János stb.

Patronusai sorában első helyen állanak az erdélyi fejedelmek: Bocskay István, a ki halála előtt egyebek között a váradi kollégiumnak is bizonyos pénzösszeget adományozott; Bethlen Gábor, ki a váradi és debreczeni főiskolák javára 40,000 frt erejéig végrendelkezett; I. Rákóczy György, a ki váradi kollégiumban tanító professzorok közül, ha hárman voltak: kettőnek, ha pedig ketten voltak: egynek eltartását magára vállalta; Lórántffy Zsuzsánna, "a kinek 3000 frt adománya a város áldozatkész adakozása következtében annyira növekedett, hogy abból Váradon alúl a Körösön épült négykövü malmot és egy Brutzkuja nevű falut (?) vásárolhattak". Ezeken kívül kiváló meczénások voltak még: Telegdy Miklós, a ki saját költségén több jeles ifjút küldött külföldi egyetemekre; Csáky Pál és Csáky László váradi lakosok.

Az egyház és iskolaügynek hathatós emeltyűje volt a kollégium nyomdája, a mely kivált Szenczi Kertész Ábrahám, a hírneves nyomdász vezetése alatt első helyre és tekintélyre emelkedett, úgy hogy a Lorántffy Zsuzsánna és több előkelő világiak anyagi támogatásával kiadatni czélzott biblia nyomása is erre a nyomdára bizatott.

De alig 103 esztendős fennállás után a váradi egyház és iskola dicsősége lehanyatlott. Ha a gyors emelkedést jórészben kedvező politikai áramlatok idézték elő, úgy halálos bukásában is ezek voltak a végzetes tényezők. II. Rákóczy György lengyelországi szerencsétlen hadjárata a török protektor kegyének, valamint fejedelmi székének elveszítését vonta maga után, Váradot pedig Ali budai basa hatalmába kerítette.

A tűzhelyet veszített reformátusok Szinán basától lakóhelyet és isteni tiszteletre engedélyt kértek, a ki azonban azt sem adta meg, hanem őket az alig 2 km. távolra fekvő Szőlősre szállította. Majd később, midőn Várad Lipót uralma alá visszakerült, ismét próbát tettek a visszatérésre; de a róm. kath. püspökség régebbi jogaival visszaállítattván, az "ide jöhetésre igen szoros volt a kapu a reformátusoknak". Az új települők katholikusok voltak, a kik között nagy nehezen verődhetett össze egy maroknyi gyülekezet, mely a XVIII. század elején szétrobbanván, tagjai valószinűleg szintén Szőlősre húzódtak.

Időnként azonban, részint az ipar, részint a virágzó szőlőmívelés révén mind több-több református került Váradra. Kivált mikor gróf Forgách Pál püspök a jelenlegi székesegyházat építtetvén, a Páris patakon túl levő szántóföldeket telkekül feloszlatta, a hol több reform. család könnyen megtelepedhetett. Önálló egyházat, habár Váradon és Velenczén is voltak számosan, - az akkori nyomott viszonyok között nem alakíthattak, hanem a szomszédos községekbe jártak istentiszteletre.

Sőt a türelmi rendelet után is óriási nehézséggel járt a ref. egyház megépítése. Bebizonyítani akarván, hogy Váradon reform. templomra szükség nincsen: gróf Kolonits László püspök és gróf Korniss Ferencz nagyprépost gyalog mentek Váradról Püspökibe, hogy az 1783. jan. 30-iki császári rendeletet, mely azoknak a reformátusoknak, a kikhez legalább egy órányi távolságra ref. templom fekszik, a templomépítést megtiltotta, - alkalmazhassák. De végre is 1784. jan. 1-én az első nyilvános istentiszteletet a Tisza-család kúriáján megtartani, s a szervezkedést munkába venni sikerült. A püspök mint földesúr rendeletére azonban kibecsülték azon ház tulajdonosát vagyonából, hol az ekklézsia prédikátorainak szállást bérelt. Az iskolaházra korcsmaczégért helyeztek s a püspök itt mérette a maga borát, 2 krajczárért itczéjét, míg másutt 3 kr. volt. A lelkészt nejével és ingóságaival együtt, valamint az iskolatanítót lakásukból az utczára hordták ki s végül széthányatták azt az ideiglenes deszkasátort is, a hol istenitiszteletet tartani akartak addig, míg állandó templomot építhettek.

Lassan bár, de végre is elkövetkeztek a békés fejlődés napjai, s a ref. egyház belső és külső erőben gyarapodni kezdett. Beőthy Ödönnek, a lelkiismereti szabadság törhetetlen bajnokának hatását lehetetlen volt éppen Váradnak meg nem érzenie. Volt már templom, ha szinte torony és utczára vezető ajtó nélkül; voltak iskolák is; sőt 1835-ben a Körös balpartján a mostani elnevezése szerint: Ujváros-részen egy másik, impozáns templom építését is megkezdették és a tanügy érdekében még egy négyosztályú gimnázium fentartásának gondját is teljesítették.

Az 1868-iki népiskolai törvény megalkotása után, talán nem annyira anyagi okok, mint inkább azon ideális felfogásból, hogy e különböző vallású és ajkú város gyermekei a községi iskolában jobban megtanulják egymást becsülni és szeretni: a ref. egyház bezárja felekezeti jellegü tanintézeteit. De évtizedek mulva keserűen kell tapasztalnia, hogy nagyon csalódott, mert iskola hiányában, tagadhatatlanul, benső erejében gyöngült meg. E körülmény indította arra, hogy néhány évvel ezelőtt a biharvármegyei egyházmegyék és a tiszántúli egyházkerület anyagi támogatásával díszes, leánynevelő-intézeti internátust létesítsen, a melyet most tanítónőképzővel óhajt kiegészíteni, hogy ezzel kapcsolatban lassanként iskoláit is életre keltse.