Tulajdonképpeni hadügyi népbiztosi tevékenységét, mint minden új ember, Pogány is a központi hatóságok átszervezésével kezdte meg. Legelsőnek a hadügyminisztérium ügybeosztását változtatta meg márc. 26-án kibocsátott 89/A. f. cs. bk. számú rendeletével. Eszerint a népbiztosság a következő beosztást nyerte: a) Hadműveleti főcsoport: vezetője Szántó helyettes népbiztos, melléje beosztva Steinbrück Ottó; vezérkari főnök Tombor Jenő. Ez a csoport az 5., 11. és 61. osztályokból alakult. B) Szervezési főcsoport: vezetője maga Pogány népbiztos, melléje mint szakközeg beosztva Stromfeld Aurél. Ehhez a főcsoporthoz a következő csoportok tartoztak: I. Csapatszervezés: vezetője Czobel Ernő. Ehhez tartozott a 6., 7., 10., 31., 39. és a 46. osztály. II. Anyagi ellátás: vezetője Márk Nándor. Ide tartozott a 28., 38., 42., 52. és az 56. osztály. III. Műszaki és tüzéranyag: vezetője Mellinger. Ehhez tartozott a 14., 37., 45., 48., 50. és az 53. osztály. Minden fő- és csoportvezető mellé, akik kivétel nélkül nem hivatásos katonák voltak, egy-egy katonai szakközeget osztottak be.