A hitujítást hozzánk is nyomon követte annak árnyéka, a meghasonlás. A svájczi reformácziónak is akadtak követői és a kétféle irány egymás ellen fordult. A vita kiegyenlítése végett Nádasdy Ferencz értekezletet hívott össze Csepregre (1591. jun. 1.), melyen aztán megtörtént a szakadás. A Calvin nézeteit valló Bejthe István németujvári prédikátor a gyűlést elhagyta, Nádasdy pedig kijelentette, hogy birtokain nem tűr meg olyan papot, a ki a "concordie formulát" alá nem irja. Innét van, hogy Vas és Sopronmegye protestánsai nagy részben az ágostai hitvallású egyházban maradtak.

Az ellenreformáczió kezdetétől II. József császárig hazánk és egyházunk története nem egyéb, mint változó szerencséjű, pusztító véres küzdelem a létért. Vasmegyének ebből is kijutott a része. A harcz a reformáczió ellen megindult. A főurak visszatértek a római egyházba és visszatérítették jobbágyaikat is. Dragonyosok járták végig a helységeket, a prédikátorokat elűzték, a templomokat elfoglalták. Az 1662-iki országgyűlésen keservesen panaszkodnak a protestánsok éppen azon főúri családok üldözése miatt (Nádasdy, Eszterházy, Erdődy), kik egykor leghatalmasabb pártfogóik voltak.

A kőszegiek német templomát 1671. máj. 14-én vették el minden egyházi épületeikkel együtt, nemsokára 1673. november 5-én elvették a magyart, a németektől pedig azt a pajtát is, melyben templomuk elvesztése óta istentiszteleteiket tartották. A Felső-Lövő környéki templomokat 1627-ben vették el. Utóbb Sóskúton (Salzrigel) építettek az evangéliusok imaházat, de 1673-ban ettől is megfosztották őket. A megye déli részén volt fárák - a szent-benedeki, szent-háromsági, martonhelyi, stb. - állítólag egész 1730-ig az evangélikusok kezén voltak, a mikor azonban, bár némelyek fegyverrel őrizték templomukat, dragonyos lovasság foglalta el azokat s a velük járt barát azonnal misét mondott bennök.

Szelepcsényi prímás 1673. szeptember 25-re 33 protestáns lelkészt idézett a Pozsonyban összeállított bizottság elé s azokat rábirta, hogy vagy hivatalukról mondjanak le, vagy az országból költözzenek ki. A kiköltözöttek közt volt Fekete István kőszegi lelkész és dunántúli szuperintendens is, a ki, midőn 1769-ben visszajött, az Ostffy-családnál talált menedéket, melynek 303ezért ostffi-asszonyfai vára katonai erővel romboltatott szét, Fekete pedig, hogy életét megmentse, később Pozsonyban, hol fogva tartatott, a kath. hitre tért ("turpissimus religiorum evangelice desertor factus") s utóbb, mint kőszegi városbíró, a protestánsok legnagyobb üldözője lett. (Pálffy-Petz szerint Fekete nem jelent meg Pozsonyban.)

A rákövetkező esztendőben Szelepcsényi minden protestáns papot és több tanítót megidézett s 250 evangélikus és 57 református jelent meg. A kik állhatatosak maradtak hitükhöz, azokat börtönre vetették, onnan pedig Olaszországba hurczolták. Ezek közül egynéhány a sárvári börtönben is sínlett egy ideig. Jobban jártak a megye déli részebeli prédikátorok, mert azokat a török nem eresztette Pozsonyba.

Az 1681-iki soproni országgyűlés Vasmegyében csupán két helyre szorítja az evangélikusokat, a hol istentiszteletet tarthatnak. De a törvény végrehajtását a közbejött háborús világ késleltette. Így, midőn Asbóth János nemeskéri prédikátor és kemenesaljai esperes 1695-ben Kemenes-Mihályfán esperességi gyűlést tartott s egyházlátogatást végzett, mit a rákövetkező évben Ács Mihály prédikátor folytatott, az ezekről szóló jegyzőkönyvek tanusága szerint a kemenesaljai evangélikusoknak mind meg voltak még a gyülekezeteik, templomaik és egyéb birtokaik (Ságon 60 hold föld, Jánosházán 26 hold és 20 szekeres rét, Szent-Mártonban 22 hold, stb). De prédikátorok már nem voltak mindenütt, mert az elűzöttek vagy elhaltak helyét nem volt, a ki betöltse. A béke helyreállta után azonban vármegyei karhatalommal elvették 1732. augusztus havában az evangélikusoktól templomaikat s minden egyházi birtokaikat, a prédikátorokat pedig 12 ezüst forint bírság mellett eltiltották minden egyházi szolgálattól. A pásztor nélkül maradt nyáj aztán a legtöbb helyen beolvadt a katholikus egyházba.

96 templomot vettek el igy Vasmegyében az evangélikusoktól. Ezek helyett nem maradt egyéb, mint az 1681. törvényben kijelölt két, úgynevezett "artikuláris" hely: Nemes-Dömölk és Nemes-Csoó. Ám ez is csak a törvényben volt meg és ugyancsak sok küzdelembe került, míg a valóságban is meg lett a hely, a hova a templom épülhessen.

Nemes-Dömölkön a kemenesaljai evangélikusok 1732-ben az iskola mellé ideiglenes paplakot építettek s meghívták prédikátornak Tót-Jágikovits Istvánt. De a prédikátornak csak istentiszteletet volt szabad tartani és úrvacsorát kiszolgáltatni; egyéb egyházi dolgokban a plébánosokhoz kellett a híveknek fordulniok. Ostffy Mihály és Vidos Miklós, ez időben a szorongatott egyház első emberei és pártfogói, ismételve Bécsbe utazgattak és végre kieszközölték a királytól, hogy a dömölki prédikátor egyházi cselekvényeket is végezhessen (de csak lakóhelyén), valamint azt is, hogy második lelkészül Miskey Ádám volt szentmártoni prédikátort meghívhassák. A nyilvános isteni tiszteletet részint a deszkából épült kis imaházban, részint a paplak udvarán, sátor alatt tartották; nagy ünnepek alkalmával pedig, midőn 5000 ember is összesereglett, a templom előtti temető-téren. Ez az állapot 12 éven át, 1744-ig tartott; de már 1738-ban Ostffy Mihály és Vidos Miklós ismét Bécsben jártak, hogy a templomépítéshez alkalmas hely kijelölését kérjék. Ki is jelölte a megyei küldöttség alkalmas helyül a parochiális kicsiny és posványos térséget. Hiába tiltakoztak ez ellen az evangélikusok, kénytelenek voltak (1743.) a kijelölt helyen megkezdeni a templomépítést. De még ezt sem tehették békén. Az ellenfél feljelentést tett Bécsben, hogy nem a kijelölt helyre építenek. A kiküldött megyei bizottság ugyan alaptalannak találta a vádat, de az építés folytatását megtiltotta. Csak három havi szünetelés után folytathatták a munkát s 1744-ben, Advent második vasárnapján, ünnepélyesen felszentelték annyi nehéz küzdelem után a templomot, mely 38 évig messze terjedő nagy vidéknek szolgált isteni tisztelet helyéül.

A másik artikuláris gyülekezet Nemes-Csoó volt, mely talán félreeső, jelentéktelen voltánál fogva jelöltetett ki ezen czélra. Ide gyültek az evangélikus hívek, kivált nagyobb ünnepeken, a Répczétől le a Muráig. A kőszegi gyülekezet is ide költözött át; a magyarok egyesültek a csoói gyülekezettel, a németek meg oda helyezték el lelkészeiket (kik mindig "kőszegi lelkészeknek" neveztettek), tanítóikat, ott tartották isteni tiszteletüket; eleinte egy nagy pajtában, utóbb azonban, 1702-ben, templomot, 1703-ban paplakot is építettek.

II. József 1781. okt. 25-én kiadott "türelmi parancsa" után siettek a protestánsok felhasználni a nyert szabadságot; szervezkedtek, rendezkedtek és összegyüjtötték, a mi megmaradt. Felépítették templomaikat, ugy a hogy megengedtetett; szegényesen, zárt helyeken, udvarokban vagy faluvégeken. Ez időből valók legtöbb templomaink. Az 1790-91-ik 26. t.-cz. megadta ugyan a vallásszabadságot, de ekkor már a legtöbb templom felépült.

Jelenleg a vasmegyei ág. ev. egyház három egyházmegyére oszlik. Eddig négy volt, mert Kőszeg, mint szab. kir. város, szokás szerint külön egyházmegyét képezett; az uj zsinati törvények értelmében azonban a vasi felső esperességhez csatlakozott, a hova hajdan is tartozott, a kőszegi prédikátorok lévén rendszerint ezen esperesség seniorai (esperesei).

1. Vasi felső egyházmegye. A megye éjszaknyugoti részén fekszik. 1781-ig a nemes-csoói eklézsiához tartozott. 1808-ig alkalmasint egyesülve volt a vasi közép-esperességgel, mert ennek területén is a kőszegi seniorok tartottak vizitácziót. Az 1787. és 1798. egyházlátogatási jegyzőkönyv Artner Honoriust, az 1808-iki Kárász Ádám kőszegi lelkészeket említi mint akkori espereseket; Toepler Sámuel alhói (1813.), Schneller Lajos János kőszegi (a 30-as évek elején), Wohlmuth Lipót rohonczi (1837.) Kirchknopf Mátyás szalonoki (1853.) Renner András alhói (1875.), Stettner Gyula felső-lövői (1881.) lelkészek. Jelenlegi felügyelő: Hrabovszky István.

2. Vasi közép egyházmegye. Vasvármegye közepén, ennek éjszaki határától hosszan lenyúlik egész a Muráig. Úgy látszik, hogy 1810-ben keletkezett az által, hogy a magyarok és vendek kiváltak a német gyülekezetekből. Erre vall az "1810. Koltán J. N. vasvármegyei középmegyében Augustana Vallást tartó Evang. Senioratusnak megyebeli gyűlése", melyen "Néhai J. J. Kárász Ádám - kőszegi lelkész - Senior ur helyett J. J. Caneriny András Körmendi Predikátor ur Fő Seniornak választatott", Esperesei voltak: Caneriny András körmendi (1810.), Döbröntey Lajos urai-ujfalui (1817.), Tüskés István koltai (1841.), Ráhner Máté koltai (1854.), Poszvék Sándor meszleni (1870.), Kund Sámuel répczelaki (1877. óta) lelkészek. Felügyelői: budakeszi Weörös István (1810.), Ajkay Pál (1814.), szentmártoni Radó Lajos (1843.), Takács Lajos (1861.), Káldy Gyula (1874.), jelenleg Rupprecht Tasziló.

3. Kemenesaljai egyházmegye. Hajdan kiterjedt Sopron, Vas, Zala és 305Veszprémmegyékre; pár zalamegyei község most is hozzátartozik. Esperesei: 1800-ban említtetik Perlaky Dávid, 1803-ben Döbröntey Lajos bobai lelkész, majd Hrabovszky István nemes-dömölki, Beliczay Jónás hőgyészi, Magassy Dávid kis-somlai, Edvi Illés Pál dömölki, Tót János dömölki, Csapli István magasi, Hering János hőgyeszi, Mód Lénárd simonyi, Nagy Sándor dömölki lelkészek. Felügyelői: 1800. Vidos Miklós, utóbb Gerber Mihály, 1846. körül Vidos József, majd Radó Ignácz, Berzsenyi Miklós, Boda József, Radó Dénes, Berzsenyi Dezső, Nagy János.

Az egyes egyházmegyék népessége következőleg oszlik meg:

Nyelv tekintetében a felső esperesség általában német, csak az eőri-szigeti gyülekezet magyar, Felső-Eőr és Kőszeg német-magyar, de a magyar nyelvet az iskolákban mindenütt tanitják. A közép esperesség felső részében magyar, alsó felében vend. A városokban, Szombathelyen, Körmenden, Sárvárott az ujra feléledt gyülekezeteket részint Vasmegye nyugoti részéből, részint a külföldről bevándorolt németek alapították meg, azért ezek egyházi nyelve is jó ideig nagyrészben német volt, az ujabbi időben azonban ezek a gyülekezetek is megmagyarosodtak. A kemenesaljai esperesség tiszta magyar.

Mint mindenütt, úgy Vasmegyében is az evangélikusoknak mindig nagy gondja volt a közművelődés emelésére. Minden gyülekezetben népiskolát, a nevezetesebb helyeken felsőbb iskolákat, nyomdákat alapítottak. Ezek közül némelyeknek emlékezete se maradt, de a melyekről tudunk, azok is szép bizonyságai elődeink tudományszeretetének. Ilyen a sárvári iskola és nyomda, a nemes-csoói tápintézettel kapcsolatos latin iskola. Német-Ujvár is egyik góczpontja volt a művelődésnek. A körmendi főiskoláról is tétetik említés. A mult század végén Kis-Somló buzgó lelkésze, Hrabovszky György, árvaházat alapított. Kőszegen a 40-50-es években jeles algimnázium volt, most pedig Felső-Lövőn vannak fontos missziót teljesítő tanintézetek.