A katonai igazságszolgáltatás addig fennállott hatóságai a tanácskormány rendelkezése szerint liquidálandók voltak, s a náluk folyamatban volt bűnügyek közül – épp úgy mint a polgári igazságszolgáltatás terén – ki kellett válogatni azokat, amelyek a tanácsköztársaság szempontjából folytatandók voltak: a többiekben az eljárást egyszerűen megszüntették.

A kiválogatásnak ezt a munkáját úgynevezett „liquidáló bizottságok” végezték, melyek néhány fizikai munkásból illetve földmívesből állottak. Ezek előtt az eddigi hivatásos bírák és ügyészek az egyes bűnügyek rövid tényálladékát előadni tartoztak, mire a bizottság a megszüntetés vagy a folytatás s e célból a forradalmi katonai törvényszékhez való áttétel mellett döntött.

A liquidáló bizottságok számára a forradalmi kormányzótanács április 16-án kelt LXII. Számú rendeletében (lásd 1919. évi április 26-án kiadott 28. számú Szab. R. K.-ben foglalt 114.250–12/15a. számú rend.) a következő főbb irányelveket adta ki:

A forradalmi kormányzótanács kötelességének tartja, hogy „azokat a proletárokat, akiket a régi rend csupán a kapitalizmus érdekében állított a büntető bíróságok elé, a büntetéstől megmentse, másrészt pedig azokat, akik a dolgozó proletárok ellen vétkeztek, szigorúan megbüntesse.” Itt tehát az igazság istennője nem járt bekötött szemmel, hanem tudva és akarva követett el igazságtalanságokat. Ezek után nem csodálkozhatunk, hogy kivált mindazok a vagyon elleni bűncselekmények, melyek a vagyonosabb osztály ellen követtettek el, egyszerűen félretétettek, míg a „burzsoá” vagyona, gyakran testi épsége is, az „öntudatos” proletár prédájává vált.

A hadügyminisztérium 12. és 13. (jogi) osztályainak működését ugyancsak politikai megbízottak irányították; így többek között dr. Szabados Árpád ügyvéd, kit a nagykanizsai törvényszék utóbb 12 havi fegyházra ítélt, majd dr. Gál Endre ügyvédjelölt, ki a proletárdiktatúra előtt dr. Landler Jenő népbiztos irodájában dolgozott, és dr. Delmár Dezső ügyvédjelölt és zenetanár.

Az igazságügyi tisztikar idősebbjeinek legnagyobb részét kényszernyugdíjazás útján eltávolították, míg a fiatalabbakat átmenetileg a fent említett liquidálásoknál alkalmazták.

Ha az öttagú hadügyi népbiztosság közölt dörgedelmes parancsait és drákói törvénykezési tevékenységét a Károlyi kormány idejében kiadott hadügyminiszteri intézkedésekkel összehasonlítjuk, úgy nyomban szemünkbe ötlik az a nagy különbség, amely a két különböző időszakban a katonák fegyelmére vonatkozó parancsnokban és rendeletekben mutatkozik. Pedig mindkét időszakban a szocialista-kommunista szervezet, sőt nagyban véve ugyanazok az emberek (Pogány, Böhm stb.) diktálták ezeket a rendeleteket. De míg a Károlyi korszak idejében minden rendelet, minden parancs a fegyelem meglazulását és tönkretételét célozta, addig a proletárdiktatúra kikiáltásakor legelső dolguk Kun, Böhm, Pogányéknak az volt, hogy ezt a mesterségesen aláaknázott és tönkretett fegyelmet a legdrákóibb rendszabályok, ha kell, halált osztó forradalmi törvényszékek és egyéb hasonló eszközök alkalmazása mellett, valamiképp újból helyreállítsák.