Az asperni csata után mindkét hadvezér legelső gondja az volt, hogy a közelben levő seregtesteket a fősereghez vonják. – Károly főherceg mindenekelőtt cseh-morva landwehr-alakulásokkal erősítette meg seregét, majd magához vonta a Csehország védelmére Linztől északra visszahagyott III. (Kolowrat-) hadtestet; hasonló parancsot kapott a Kremsnél az V. hadtest egy különítményével visszahagyott Schustekh altábornagy is, de ezt a parancsát a főherceg utóbb visszavonta. Végül János főherceg azt az utasítást kapta, hogy Körmenden át Pozsonyba vonuljon, de ez Jenő alkirály által nyomon követve, mint tudjuk, Pápán át Győr felé vett irányt, ahol június 14.-én csatát vesztvén, Komárom felé tért ki.

Az ellenség magatartásáról s további szándékáról Károly főherceg eléggé jól volt tájékozva. Tudta, hogy Napoleon Bécs tájékán nagymérvű csapatösszevonásokat eszközöltet, hogy aztán újból megkísérelje a Lobauról a Dunán való átkelést. Ez esetben a főherceg ugyanazt a magatartást akarta követni, mint az asperni csatánál, hogy t. i. Napoleont a Dunán való átkelés közben támadja meg, mire nézve június 5.-én kiadott intézkedésével meg is tette a szükséges rendelkezéseket. Ámde a franciák támadása csak nem akart megindulni. Ezt ujabban a főherceg és főhadiszállása június 14-ikére, a marengoi csata évfordulójának napjára várta, s ezért az osztrák sereg június 13.-án és 14.-én teljes harckészültségben várta a történendőket, de ez a két nap is nyugodtan telt el.[1]

Miután a főherceg a franciák átkelését újból a Lobau északi oldalán tételezte fel, Aspern-Essling-Gross Enzersdorf vonalában erődítéseket emeltetett, az említett helységeket szívós védelemre rendeztette be és azokat földsáncokkal össze is köttette.

Még nagyobbarányúak és messzebbmenők voltak Napoleonnak a döntő csata megismétlésére vonatkozó előkészületei. A VIII. hadtesttel a tullni és mauterni Duna-átjárók biztosítására visszahagyott Vandamme-ot, valamint a IX. hadtesttel Linzbe érkezett Bernadotte-ot Bécsbe rendelte; utóbbit Linzben a Werde bajor-hadosztály váltotta fel. Végül a győri csata után az V. (Macdonald-), VI. (Greiner-) és XI. (Marmont-) hadtestekből és az olasz gárdából Jenő alkirály parancsnoksága alatt álló olasz hadsereget is Bécsbe rendelte.

Igen nagyarányú intézkedéseket tett Napoleon a Lobau szigetnek megerődítése, biztosítása, minden időben használható utakkal való ellátása és a Duna-ágakon verendő hidak építése tekintetében. A Duna főágán meglevő nagy hajóhíd mellett egy második hidat veretett és ezeket a hidakat minden ellenséges vállalat ellen torlaszokkal biztosította.[2] A Lobautól a Morvamezőre való átkelésre Napoleon a stadlaui ágnak azt a részét választotta, amely Gross-Enzersdorf–Mühlleitennel szemben feküdt.

[1] Mayerhoffer id. m. 142: „Anfangs Juni wiesen allerdings mehrfache Meldnugen über die Zusammenziehung beträchtlicher Kräfte um Kaiser-Ebersdorf darauf hin, dass Napoleon schon demnächst mit Ausnützung der für ihn ausnehmed günstigen Verhältnisse auf der Lobau hier den Übergang versuchen werde. Die Gespanntheit der Lage hielt so bis Mitte Juni an und erfloss auch eine Disposition des Generalissimus (de dato 5. Juni) für den Angriff auf den Feind, falls dieser den Übergang ausführen sollte. Am 13. und 14. Juni hielten die Korps der österreichischen Hauptarmee sogar Gefechtsbereitschaft, da man erwartete, dass Napoleon die Wiederkehr des Jahrestages von Marengo (14. Juni) mit der Ausführung seiner nächsten Absichten in Verbindung bringen würde.”

[2] Strobl id. m. 33: „Nach den weitgehenden Vorsorgen hinsichtlich des Heranziehens aller anderwärts entbehrlichen Armeetheile, sowie betreffs der Sicherung seiner Operationsbasis und der ausgedehnten Etapenlinie, endlich betreffs der Deckung seiner Flanken und der Handhabung eines intensiven Aufklärungsdienstes überlässt sich Kaiser Napoleon mit unermüdeter Sorgfalt der Leitung der unermesslichen Arbeiten, durch welche die Lobau das Gepräge einer französischen Festung im Feindeslande erhalten sollte. In den ersten Tagen wurde die beschädigte Brücke hergestellt. Die Generale Bertrand, Rogniat und Foucher erhielten den auftrag, die Stellen aufzusuchen, wo die erforderlichen Brücken geschlagen und Batterien angelegt werden sollen. Der Kaiser selbst recognoscierte mit Marschall Massena das ganze Ufer und bezeichnete die Hauptpunkte des Überganges . . . Die Inseln im Donauarme wurden durch mehr als 100 Kanonen und Mörser vom schwersten Caliber armiert (zumeist dem Zeughause in Wien entnommen). Durch das Genie Napoleons, den Eifer seiner Generale und die unerschütterliche Ausdauer der französischen Truppen gediehen die im Reisenmasse vorgenommemen Arbeiten dergestalt, dass ihre Vollendung in der ersten Hälfte des Monates Juni erwartet werden konnte . . . Eine Flotille bewaffneter Fahrzeuge uner dem Obersten Barre kreuzte zwischen den Inseln und konnte nach Bedarf die Werke der Lobau unterstützen.”