Az 1799. évi háborúban az egyes hadseregparancsnokoknak mindkét részről még kevesebb önállóságuk és szabad cselekvési szabadságuk volt, mint az eddigi hadjáratokban. A franciáknál a hadseregparancsokok számára a hadműveleti tervet Carnot állapította meg. A támadó hadműveleti terv szerint egyelőre Jourdan-nak a Rajnán átkelve, a Lech felé, Massena-nak és Lecourbe-nak pedig az Inn völgyében s végül Scherernek Veronán át Bassanora kellett elnyomulnia olyképpen, hogy a seregek az Augsburg-Innsbruck-Bassano által jelölt vonalat egyszerre érjék el. Ezért az előnyomulást legelőször Jourdan-nak, majd Massena-nak és Lecourbe-nak s legvégül Scherernek kellett megkezdenie. Jourdan-nak a direktórium ezenkívül még azt is meghagyta, hogy a Rajnán átkelve és a Bodeni tó észak- és csak innen forduljon Augsburg felé. Azonban Jourdan már eleve állást foglalt a Bregenzen át való kitérés ellen.

Hasonlóképpen megkötötte a hadseregparancsnokok kezét a bécsi haditanács is, mely utóbbi időben teljesen Thugut miniszter szinte akaratnélküli közegévé süllyedt le. De amíg Carnot katonai téren a direktórium jobbkeze volt, aki mint szervező és általában véve mint a hadműveletek megtervezője is elég helyes nyomokon járt, a bécsi haditanács tagjai egytől egyig vénhedt, vaskalapos emberek voltak, akik makacsul ragaszkodtak elavult felfogásukhoz és attól a seregvezetők részéről még részletekben sem tűrtek meg semmiféle eltérést. Ezúttal ez a vaskalaposság annál hátrányosabb módon éreztette hatását, mivel viszont a bécsi haditanács teljesen a mindenható, de katonai dolgok iránt helyes érzékkel egyáltalában nem rendelkező Thugut miniszter befolyása és lenyűgöző hatása alatt állott.[1] Károly főherceg eleinte legalább némi önállóságra akart szert tenni, de csakhamar neki is be kellett adnia a derekát. Egyébként a szövetségesek hadműveleti terve a már fentebb említett hadierv keretében mozgott s az egyes hadseregparancsnokoknak annak értelmében kellett eljárniok.

[1] Erről Károly főherceg emlékirataiban többek között következőleg nyilatkozik: „Wohl kaum hat in einem Kriege die Diplomatie so unumschränkt und bleibend die Oberhand behalten, wie in diesem . . . Weder das grosse Ziel des Krieges, noch die allgemeine Richtung und Tendenz der Operationen wurde dem Feldherrn bekannt gegeben. Die Befehle aus Wien griffen rücksichtslos auch in die Details ein.” – Szuvarov pedig ezeket írta Thugut túlkapásairól és a haditanács tagjainak kicsinyeskedő állandó beavatkozásáról és okvetetlenkedéséről: „Auf 1000 Werst wollen sie die Operationen leiten und wissen nicht, dass jede Minute an Ort und Stelle dieselben zu verändern veranlasst. Wie kann dieser Kanzleischreiber – und wenn er mit dem Schwerte Skanderbegs umgürtet wärte – aus seinem dunklen Neste eine Armee befehligen und über die im Felde jeden Augenblick sich ändernden Umstände gebieten?”