bölcseleti doktor, a prágai egyetem könyvtárnoka, S. Pál ág. ev. lelkész és Káresz Katalin fia, szül. 1795. máj. 13. Fekete-Patakon (Csetnek mellett, Gömörm.). 1805-ben a rozsnyói gymnasiumba ment, hol a három osztályt elvégezte és megtanult magyarul és németül. 1810-ben a kézsmárki lyceumba került, hol S. német nyelvű önéletrajzában kegyelettel emlékezik meg tanárairól, különösen Genersich Jánosról, kitől életének irányát nyerte. Ekkor keletkezett benne a szláv nyelv és irodalom iránti hajlam; a szerb és ruthén tanulótársaitól megtanulta a szerb és ruthén nyelvet és a cyrill írást. 1815. okt. 27. iratkozott be a jenai egyetemre; szabad idejét itt is a szláv nyelv és irodalom tanulmányozásának szentelte. Itt fordította szláv nyelvre Aristophanes Felhőit és Schiller Stuart Máriáját. 1817-ben bölcseleti doktorrá avatták. 1817. szept. nevelő lett Pozsonyban Kubinyi László mellett. 1819. máj. az újvidéki görög nem egyesült kath. szerb főgymnasium patronatusa megválasztá a humaniorák tanárának, egyszersmind a főgymnasium igazgatásával is megbízta, hol 14 évet töltött mint tanár (az első 6 évben a gymnasium igazgatója is volt). Az új gymnasiumot szervezte és mint az egyedüli tanár, ki a magyar nyelvet bírta, ezt is tanította. Itt megnősült, neje zsédeni Ambrózy Julia haláláig hű társa volt. Cseh barátainak meghívására, miután 1833. márcz. leköszönt újvidéki állásáról, Prágába költözött. Még újvidéki tartózkodása alatt átkutatta az újvidéki, karloviczi s fruskagorai zárdák könyv- és levéltárait. Prágában leginkább a szláv nyelvekre és azok irodalmára, a szláv népek legrégibb történetére és régiségeire volt tekintettel. Két évig kizárólag tudományos kutatásokkal foglalkozott: 1834-35-ben szerkesztette a Světozor (Panorama) cz. népszerű heti folyóiratot. 1835-37. a prágai magistratusnál a «translator in russicopolonico» állomást töltötte be, 1837-ben kinevezték a szépirodalmi és vegyes tartalmú művek censorává, mely hivatalt 1847-ig viselte. 1841-ben számfeletti custossá, 1844. valóságossá s 1848-ban könyvtárnokká nevezték ki a prágai cs. kir. egyetemi könyvtárhoz, mely utóbbi állásában 1860-ig megmaradt. A mint S. szláv régiségei megjelentek, a híre a külföldön is nőttön-nőtt, több tudós társaság tagjává választotta. A porosz kormány meghívta a berlini vagy a boroszlói egyetem szláv philologiai tanszékére, de ezek egyikét sem fogadta el; ekkor a porosz kormány «pour le mérite» renddel tisztelte meg. A bécsi tud. akadémia 1847-ben választotta meg tagjának, hol székét 1848. febr. 2. tartott beszédjével foglalta el: 1848. ápr. és máj. Bécsben tartózkodott, midőn Sommaruga báró osztrák közoktatási minister meghivására a tanügy javítása ügyében tartott tanácskozásban részt vett. Ekkor a szláv nyelv szerepéről a közép- és főiskolákban dolgozatot nyújtott be, melyet elfogadtak és megkinálták tanácsosi ranggal a közoktatási miniszteriumban; ő azonban inkább a könyvtárnoki állást (1848. ápr. 25.) fogadta el. Részt vett 1848. jún. 2. a prágai szláv congressuson, hol a magyarországi szlávok is megjelentek, melyet azonban az akkori zavarok miatt feloszlattak. Azután visszavonult a politika teréről és kizárólag hivatalának és tudományának élt. 1838-tól 1843-ig a cseh nemzeti múzeum folyóiratának is szerkesztője volt. Életének utolsó éveiben a glagolitica tanulmányozásával foglalkozott. 1857-ben kiadta a glagoliticus töredékeket és 1858-ban a glagolitismus eredetéről és hazájáról írt művét. 1856-tól kezdve gyakran nehéz beteg volt. 1860. okt. 30. saját kérelmére nyugdíjazták. Meghalt 1861. jún. 26. Prágában. Könyvtárából, mely a szláv irodalmat illetőleg nagybecsű volt, özvegye Catalogust adott ki. (Bécs, 1862.)
Munkái:
1. Tatranská Musa s lyrou slovanskou. Lőcse, 1814.
2. Počátkové keského básnistvi obzuláště prosodie. Pozsony, 1818. (A cseh költészet, különösen a cseh prosodia alapelvei.)
3. Pisně světské lidu slovenského v Uhrich. Pest, 1823. Két kötet. (A magyarországi szlovák nép világi dalaí. Összegyűjtötték s kiadták többen. A II. kötet előszavát S. írta. A szlovák népdalokat magyarra fordították: Szeberényi Lajos és Lehoczky Tivadar.)
4. Geschichte der slavischen Sprache und Literatur nach allen Mundarten. Ofen, 1816.
5. Ueber die Abkunft der Slaven nach L. Suroviecki. Ofen, 1828.
6. Juridisch-politische Terminologie der slaw. Sprachen Oesterreichs. Wien, 1850.
7. Geschichte der südslawischen Literatur (Handschriftlicher Nachlass). Herausgegeben von Josef Jireček. Prag, 1864-65. Három kötet. (Befejezetlen nagy művének részei.)
Több munkáiról, czikkeiről és kéziratairól Wagner Lajos bőven megemlékezik.
S. nevét: Safáry, Schaffarik, Safařik, Šafárik, Schafarik, Saffarik, Schaffarik, Schaffaryk, Schafarzik és Schafarzyknak is írják.
Haan, Jena Hungarica. Gyulae, 1858. 138. l.
Újabbkori ismeretek Tára VI. 141. l.
Wurzbach, Biogr. Lexikon XXVIII. 53. l. (Bő repertóriummal).
Wagner Lajos, Safarik élete és művei. Budapest, 1878.
Századok 1878. 685. l.
černoknařnik 1895. 5. sz. arczk.
Pallas Nagy Lexikona XIV. 775. l.
Slovnik Nauéný Prága. 1906. XXIV. 528. l.