bölcselet- és orvosdoktor, egyetemi tanár, H. Kristóf polgár és Tettenborn Zsuzsánna Julia fia, szül. 1764. febr. 11. Erfurtban, Thüringia fővárosában, hol középiskoláit, valamint a bölcseleti és jogi tudományokat 1781-től 1785-ig elvégezte. Sok időt fordított az idegen nyelvek elsajátítására; 1786-ban, midőn az újonnan fölállított mainzi egyetemre ment, már francziául, angolul és spanyolul jól beszélt és két évig hallgatta ott Hartleben Xaver Ferencz és Frank Péter Antal híres jogtudósokat; ugyancsak Mainzban keletkezett gyűjtő hajlama, mely miatt többször adósságba s pénzzavarokba keveredett. 1787-ben báró Wambold főkamarás két fiának nevelője lett, kikkel együtt Mainzban a bölcseleti s Freiburgban (Breisgauban) az egyetemen a jogtudományokat újra hallgatta. A szünnapokat öt évig Svájcz, Franczia- s Németország beutazására fordította. 1792. aug. 24-ig Wantburgon tartózkodott. A franczia sereg előnyomulása a Rajna felé 1792 végén a Breisgau elhagyására kényszeríté, mire Erfurtot választotta tartózkodási helyéül, hol mint maga följegyzé, a múzsáknak élve öt évet töltött és leginkább a csillagászattal, az angol és franczia nyelvvel foglalkozott. 1793 és 94-ben lényeges részt vett Zellén a Wichmann-féle nevelőintézet szervezésében. 1797 végén Mileczky Sándor ifjú lengyelnek tudománpos kiművelését vállalta magára, kivel előbb az erlangeni egyetemre s 1800 tavaszán a freiburgi bányászakadémiára ment, hol három évig maradtak és Verner, Lampadius és Lampe tanárok alatt az egész pályát végezték. Itt ismerte meg H. benső hivatását a természettudományok iránt; az ásványtanon, földismereten és bányászaton kívül a füvészettel és rovartannal is foglalkozott; gyűjtött, cserélt, vett és sokat nyert ajándékként; mint hátrahagyott gyűjteményének jegyzékei mutatják, szerzett ásvány- és földtani gyűjteményt is. Nem hagyott föl időjárási észrevételeivel sem, melyeket már Erfurtban megkezdett és melyek kéziratban egész halálaig följegyezve reánk maradtak, sőt a másoktól följegyzettek is születése éveig az előbbeniekkel összekapcsoltattak. Freiburgban (1801) ismerte meg mint tanulótársát báró Podmaniczky Károlyt, a később nagyhírű ásványtudóst és bányászt, ki később Pesten pártfogója s legjobb barátja volt. Midőn növendéke Mileczky bevégezte tanulmányait, elvált tőle és szülővárosába tért vissza, hogy ott 1803-1805-ig tudományának élhessen. Ezen időben bejárta Lengyelországot, Sziléziát és Csehországot. 1805-ben Erfurtban bölcseletdoktori oklevelet nyert; előzőleg (1802. jan. 27.) az erfurti mathematicophysicai akadémiától és (1802. máj. 3.) a hasznos tudományok mainzi választófejedelmi akadémiájától tiszteltetett meg oklevéllel. A jenai ütközet szerencsétlen kimenetele miatt okt. 14. Weimarban vonta meg magát, hol 1812-ig maradt, minden idejét a tudományoknak szentelve. Nyolcz évi Weimarban tartózkodása alatt a következő tudományos társulatok választották tagnak: 1808. nov. 3. a wetteraui orvos-természettudományi társulat, 1811. jún. 12. a thüringiai mezőgazdasági egylet, 1811. jún. 30. a bern-cantoni orvossebészi társulat, 1812. júl. 22. ugyanaz ásványtani tagnak és 1812. aug. 30. az aargaui cantoni természetvizsgáló testület. A németországi események újra kényszeríték az év végén, hogy a francziákat kikerülhesse, Weimart elhagyni. Brünnbe utazott, hol Salm Hugo gróf vendégszeretetét élvezte. Minden gyűjteménye Németorszégban maradt és csak kevés könyvvel jött Ausztriába. 1813. okt. 11. dr. Riesz E. meghívására elhagyta Brünnt és Bécsbe jött, melyet kevés napi mulatás után nov. 20. Budával cserélt föl. Csakhamar föltalálta itt régi ismerőseit, barátját Podmaniczky Károlyt, Kitaibelt, Hartlebent, Schustert, Reisingert és Sadlert. Mint magántudós három évig maradt Pesten. Kissé szorúlt helyzetében kényszerült dr. Riesznek budai szőlőczukorfőzésében részt venni s Hartleben C. A. könyvkereskedő számára idegen nyelvekből fordításokat készíteni, valamint egy genealogiai zsebkönyet 1816. évre (álnév alatt) kiadni. 1815-ben a magyar nemzeti múzeum természeti osztályának akkori őre munkáján, a magyar kőszénről, dolgozott, mely czélból a múzeum épületébe költözött. Ezen munka kéziratát, Tehelnek csakhamar bekövetkezett halála után, visszavette. Azonkívül a füvészettel is foglalkozott, szorgalmasan gyűjtőtt a budapesti s aszódi tájakton. Sok időt fordított a latin nyelv megtanulására is. Pasquich tanár és igazgató alatt hallgatta a csillagászatot. Kitaibel nyugalomha helyezése (1816) után 1817. ápr. 23. az egyetemen a füvészet rendes tanára lett, máj. 21. tartotta beigtató beszédét: De progressibus scientiae botanicae tempore recentiore et recentissimo cz. 1816. febr. 29. a morva-sziléziai földmívelő-, természet- és honismeret-tudományi társulattól levelező tagsági s 1821. márczius 13. a pesti egyetemtől orvosdoktori oklevelet nyert. 1827. jan. 15. Bécsben a cs. kir. mezei gazdasági társulat rendes és 1828. jan. 18. a regensburgi kir. füvésztársaság levelező tagja lett. 1832. máj. 31-ről jún 1. éjjel lakásán, az egyetemi könyvtár (sz. Ferenczrendi szerzetesek kolostora mellett) udvarán levő kis házban gyilkos kezek vetettek véget életének. Az orvosi kar olvasó termének hagyta több mint 2000 pftot érő minden füvészkönyvét, lebtani munkáit és eszközeit.
A pesti egyetemi füvészkert, kevéssel H. tanárrá történt kinevezése előtt a legczélszerűtlenebb helyre helyeztetett át, minden árnyék nélkül, közel a kövezetlen országúthoz (a mai nemzeti színház bérháza s a műegyetem közötti térre); a füvésztani tanszék külön volt válva a kert igazgatóságától. Schuster tanár tartá az előadásokat, Kitaibel tanár gondoskodott a kertről. 1817-ben alig találtatott 4500 faj a kertben, melyek közül legtöbben a szabadban tenyésztek. H. a kertet utódjának 10,000 fajjal hagyta hátra. 1819-től minden évben adott ki egy növénymagsorozatot. Frivaldszky Imre múzeumi segédőr H. emlékére egy újonnan fölfedezett balkáni növénynemet Haberlea s a helyről rhodopensis-nek nevezett el.
Több könyvismertetést írt a külföldi folyóiratokba, ásványtani czikkeket a Gehlen-féle erfurti társaság lapjába s a Schweigger Journaljába (1817. Über den echten ungarischen Alaunstein); a weimari Allg. geogr. Ephemeridenbe számos földrajzi s statisztikai czikket írt. Az André Hesperusába (1817. Über vollkommen dichten und vollkommen crystallisirten Olivin in Ungarn, Beschreibung einer neuen Art Braunkohlengattung, Neue Beubachtungen über den ung. Alaunsten); az Orvosi Tárba (1831. Időjárásbeli észrevételek 1831-ben, a budai csillagász intézetbeli vizsgálatokból, 1832. Általános tekintet az 1832. évi időjárási viszontagságokra Pest vidékében, Időjárásbeli észrevételek táblái 1832. jan.-márcz., 1833. Időjárási észrevételek táblái az 1833. évre).
Munkái:
1. Meine Gedanken über Erziehung, als Entwurf zu einer musterhaften Erziehungsanstalt. Erfurt, 1796. (Névtelenül).
2. Beobachtungen über die Gestalt der Grund- oder Keimkrystalle ders schörlartigen Berylls und dessen übrige oryktognostische Verhaltnisse. Erfurt, 1805.
3. Beiträge zu einer allgemeinen Einleitung in das Studium der Mineralogie... Weimar, 1805. (Ezen czímmel is: Berichtigende Anmerkungen und Zusätze zu A. G. Joh. Karl Batsch's Einleitung zum Studium der allgemeinen Naturgeschichte I. Abth.)
4. Beschreibung einer Sammlung von Crystallmodellen. Weimar, 1805.
5. Charakterisirende Darstellung der gemeinnützigsten, so wie der am öftersten vorkommenden Mineralien... Weimar, 1806.
6. Das Gewächsreich oder charakteristische Beschreibung aller zur Zeit bekannten Gewächse. 1. Abth. Weimar, 1806.
7. Das Mineralreich oder charakterisirende Beschreibung aller zur Zeit bekannten Mineralkörper, als Commentar zu den Bertuch'schen Tafeln der allg. Naturgeschichte. 1. und 2. Abthg. Weimar, 1806-1807. (A kor mostohasága miatt mind a két munka bevégzetlen maradt).
8. Beobachtungen über das Entstehen der Sphaeria lagenaria Pers., so wie des Merulius destruens Pers... Erfurt, 1806.
9. Kleine Witterungsanzeigen für Bürger und Landmann und jede Haushaltung für das Jahr 1810. Weimar, 1810.
10. Meteorologisches Jahrbuch zur Beförderung gründlicher Kenntnisse von allem, was auf Witterung und Lufterscheinungen Einfluss hat. Weimar, 1810-12. Három részben (Meteorologisches Jahrbuch cz. is)
11. Meteorologisches Tagebuch für das Jahr 1810 u. 1811. Weimar. (Az 1811. éf. ezen czímmel is: Meteorolog. Lehrbuch... )
12. Meteorologische Hefte für Beobachtung und Untersuchung zur Begründung der Witterungslehre. Weimar, 1810-1812. Három füzet.
13. Mineralogisch-meteorologische Beobachtungen. Weimar, 1811. (Különnyomat a Meteorol. Hefte 2. füzetéből).
14. Über Witterungsbeurtheilung und Erspähung oder ausführliche Übersicht dessen, was bischer zur wissenschaftlichen Begründung der Metereologie geschahe, und noch dafür zu thun ist. Weimar, 1811.
15. Neues geocentrisches Planetarium als meteorologisches Constellatorium... Mit einem dazu gehörigen Instrumente. Weimar, 1811.
16. Schema zum Eintragen der täglichen metereologischen Beobachtungen. Weimar, 1811.
17. Meteorologische Aphorismen zur Erlernung, wissenschaftlicher Witterungsbeurtheilung... Weimar, 1812.
18. Succincta rei herbariae Hungariae et Transylvaniae historia. Budae, 1830. (Schuster tanár jegyzeteiből szerkesztette; e mű a pesti füvészkert történetét tökéletesen kimeríti).
19. De stipa capillata... (Hivatalos jelentés, mely magyarra s németre is lefordíttatott).
Kéziratban: De Amarantho dimorpho s De progressibus scientiae botanicae cz. székfoglaló beszéde, háromszor átdolgozott példányban Sadler tanár birtokába került; a m. n. múzeum kézirattárában több botanikai munkája, az egyetemi könyvtárban oklevelei vannak.
Status praesens regiae literarum Universitatis Ungaricae. Budae, 1830. 21.
Orvosi Tár II. 1831. 84. VI. 1832. 199.
Hazai s Külföldi Tudósítások 1832. I. 44. sz.
Fejér, Historia Academiae 146.
A kir. m. Természettudományi Társulat Évkönyvei I. 1841-1845. 220-232. (Sadler József.)
1832: Bote von und für Ungern 2. sz. Vereinigte Ofner Pester Zeitung 45. sz.
Ujabbkori Ismeretek Tára IV. 134.
Kanitz, August, Versuch einer Geschichte der ungarischen Botanik. Halle, 1865. 152.
Szinnyei Könyvészete és gyászjelentés.